Прошел год с тех пор, как Узумаки Наруто вместе с Джирайей покинули деревню Листа, Коноха за этот год была полностью восстановлена, сейчас в деревне идет спокойная размереная жизнь, шиноби выполняют миссии, заключен крепкий Союз с деревней Песка. Однако, Коноха не отступается от идеи полностью уничтожить своего главного врага Орочимару, для того, что бы обезопасить свою деревню и другие скрытые селения, и сделать деревня Листа хочет это именно сейчас, на этом периоде, пока Орочимару не переселил свой дух в тело Учихи Саске и не овладел Шаринганом.
В деревне скрытого Песка совсем недавно выбрали нового казекаге, им стал Гаара. Суна так же хочет уничтожить Орочимару, отомстить за предательство и за убийство четвертого Казекаге. Суна объеденяется с Конохой для того, что бы найти змеиного санина и уничтожить его.
Сам Орочимару в то время разрабатывает план нападения на Суну. Санин остерегается повторно нападать на Коноху, по крайней мере до того момента, как не использует свою технику для перемещения своего духа в тело Саске. Суна кажется змеиному Санину сейчас незащищенной и доступной для разрушения всвязи с тем, что Казекаге стал Гаара, а Орочимару не считает молодого шиноби достойным противником. Кроме того, змеиный Санин продолжает тренировать Учиху Саске, учить его новым техникам.
В деревне скрытого Тумана планируется нападение на Коноху. Мизукаге считает, что деревня с такой нейтральной политикой не достойна существования. В Кири считают, что Коноха еще не успела восстановиться после нападения Орочимару, поэтому уязвима для атак. Мизукаге направляет в деревню Листа своих шпионов
Организация Акацки продолжает свою охоту за хвостатыми. В первую очередь Пейну нужен девятихвостый, так как это сильнейший из демонов. Кроме того, Лидер ищет новые способности, которые могут пригодится оргаизации. У Акацки на данном этапе есть еще одна цель – уничтожить Орочимару, потому как именно от змеиного санина пошла утечка информации об организации. Эту цель Акацки стараются выполнить как можно быстрее.
Наруто отправился с санином тренироваться, учиться новым техникам, а сам Джирайя в это время узнавал нужную для Конохи информацио об Орочимару, об Акацках. Сейчас Ужумаки и Джирайя находятся в стране воды, где встречают одного из Акацки и начинают за ним слежку, а после слежки шиноби планируют вернуться в Коноху и доставить Хокаге информацию

Более подробная информация о сюжете, а так же расписание сюжетных линий для каждого персонажа находится в подфоруме ”Сюжет” (подфорум доступен для просмотра только принятым в игру)